فراوانی و تعیین ترادف سه جدایه ویروس وای سیب زمینی از مزارع توتون و مقایسه فیلوژنتیکی با سایر جدایه های دنیا

برای تعیین فراوانی ویروس وای سیب­زمینی (potato virus y, pvy) در تابستان 1389 تعداد 182 نمونه دارای علایم از مزارع توتون استان گلستان جمع آوری و با آزمون das-elisa با آنتی سرم چند همسانه­ای مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 90 نمونه آلوده به pvy تشخیص داده شدند. آر ان ای سه جدایه ویروس با استفاده از کیت rnx-plus استخراج و با یک جفت آغازگر اختصاصی pvy مربوط به ناحیه cp، در واکنش rt-pcr تکثیر شد. نمونه­های آلوده به pvy پس از الکتروفورز در ژل آگاروز در محدوده bp1000 مورد انتظار، ایجاد باند نمودند. محصول pcr به طور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف­های به دست آمده به طول850 نوکلئوتید همراه با 30 ترادف انتخاب شده از genbank مقایسه شدند. همردیف سازی چندگانه و آنالیز فیلوژنتیک با clustalx و blast در نرم­افزار bioedit انجام و درخت فیلوژنتیکی به روش maximum parsimony ترسیم گردید. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که جدایه­های علی آباد و فاضل آباد از ایران همراه با جدایه­های اسپانیا، ایتالیا و بوشهر در یک گروه و جدایه مینودشت همراه با جدایه­های هلند، بریتانیا و تایوان در گروه دیگر قرار می گیرند.